1944 m. liepos mėnesį į Kaišiadoris vėl sugrįžo sovietinis režimas. Teofiliui buvo pasiūlyta pasirašyti raštą Stalinui „Už Lietuvos išvadavimą“. Vyskupas tą padaryti atsisakė. Matydamas, kad sugrįžusi valdžia trukdo Bažnyčiai atlikti ganytojišką veiklą, inicijavo Vyskupų Konferencijos posėdį, kuris rugsėjo mėnesį įvyko Ukmergėje. Teofilius suprato, kad sunkiais momentais žmonėms ypač svarbi dvasinė pagalba. Jis ragino kunigus kuo aktyviau dirbti. Nurodė kunigams paskelbti, kad tikintiesiems netinka priklausyti pionierių ar komjaunimo organizacijoms. Ta tema parašė ir raštą tuometinei valdžiai. Galima tik įsivaizduoti, kaip tokie veiksmai erzino sovietinę valdžią. 1945 m. vyskupas Teofilius parašė Memorandumą, kurį adresavo Lietuvos TSR Komisarų tarybai (tuometinei Lietuvos vyriausybei). Jame gynė tikinčiųjų interesus, pasisakė partizanų tema, teigdamas, kad Bažnyčia dėl jų veiklos niekuo dėta. 1946 m. gruodžio 18 d. vyskupas Teofilius buvo areštuotas, nes nesutiko bendradarbiauti su sovietine valdžia. Pradžioje buvo įkalintas Oršoje, vėliau – Vladimire, galiausiai atsidūrė Mordovijos invalidų namuose. Į Lietuvą sugrįžti vyskupui buvo lemta tik 1956 metais…